故事设定在一场警察无法应对的世界范围内的治安危机当中，产生了一种在法律限制内解决个人或组织的委托以弥补警察不足的职业——武侦。而在专门培养“武侦”的特殊学校东京武侦高中里，侦探科二年级的男主角・远山金次，因为拥有某种神秘体质，在某种契机之下会让大脑细胞活性化。对于这一点他始终希望对其他人保密，只祈求能过平凡的校园生活。可惜事与愿违，某天在上学途中他被卷入一起炸弹攻击，更因此和强袭科的超精英——神崎‧H‧亚莉亚相遇。就这样，被迫与S级的最强武侦亚里亚组队的金次，他的平凡日常生活逐渐地离他而去。