“回忆起拥有翅膀的时候。”回应一万两千年前的念想，连接起来的是残缺的心。太阳、月亮与火星相遇之时，全新的合体旋律流淌——！湘南海上的小岛·江之岛。在美丽的宁静海滨，有一所“私立江之岛学园”。学园汇集了全国优秀的孩子，使用最新设备实施英才教育。被选为特殊强化班级学生〈元素〉的萨克、利美亚、托希，被命令操纵以情感之力驱动的战斗机〈向量机〉，不得不与神秘的侵略兵器〈神话兽〉战斗。在战斗的高潮中，被不可思议的幻象所引导，萨克喊道—— “想星合体！GO、大天使！”在重复轮回的尽头，出现了机械天翅大天使。背负着宿命的少男少女们，在不明团体〈宇宙蛋之会〉和大人们的阴谋交织中，将面对这个宇宙的真相……。这是一场以自己的情感和宇宙的存亡为赌注，编织而成的宏大的爱的神话。