在这个世界上，存在着许多地球人所不知道的宇宙人。而“宇宙警探elDLIVE”则是一个为了维护宇宙的秩序与和平而日夜与恶势力持续战斗着的组织。在地球生活的少年九之濑宙太，自记事起，就一直能听到别人都听不见的不可思议的“声音”。有一天，宙太突然被物色成为宇宙警探elDLIVE太阳系方面署的署员。在接受录用考试时，宙太第一次见到了“声音”的主人。“声音”的主人是被称为共生体的珍稀生命体。而宙太则是能与这个共生体协作发动共生技的特殊存在。顺利通过录用考试的宙太，便与共生体搭档“多尔”，以及太阳系方面署署长雷恩·布里克、同僚其方美铃等同伴一起，开始作为elDLIVE署员工作。